La I. E. N° 5040 fue creada por R. M. N° 993 el 30 de marzo de 1971 y está ubicada en la Calle Vía Josefina s/n de la Urbanización Pedro Ruiz Gallo, en el Distrito del Cercado del Callao de la Provincia Constitucional del Callao.
A la I. E. N° 5040 se le agregó el n ombre de “Pedro Ruiz”, por estar ubicado en la Urbanización Pedro Ruiz Gallo y también en honor al héroe de aeronáutica, cuya vida y obra son ejemplo para la niñez y juventud peruana.
La primera Directora del turno mañana fue la Prof. Elcira Loyola de Castro y el primer Director del turno tarde fue el Prof. Luis Gabrielli Zambrano. En el año de 1984 asumió la dirección de ambos turnos la Prof. Bertha Angulo Alva hasta el año de 1989. En el mismo año de 1989, por encargatura aceptó la dirección la Lic. Hilda Motta Prada, quien a partir del año 1990, recibió la titularidad de directora hasta mayo del 2013. A partir del mes de junio del 2013, asumió la dirección la Mg. Teresilda García Molina hasta diciembre 2014. A partir del año 2015 asumió la Dirección la Mg. Hilda Arevalo Vasquez, cargo que ocupa actualmente y en el año 2016 asumió la subdirección la Mg. Jaqueline Salinas Mariñas hasta el día de hoy.
El servicio de Educación Inicial empezó con el programa de PRONOI, siendo acondicionado para ello el actual salón del sexto grado “A” y estuvo a cargo de la Lic. Maritza Sánchez del Pino. Más tarde, en el año de 1993, mediante R. D. N° 958-93, se amplió el servicio de Educación Inicial con tres secciones más, ocupando el actual local escolar, construido por CORDECALLAO que instaló dos módulos con cuatro aulas, servicios higiénicos, un patio y su área de juegos apropiados para el nivel.
Nuestra I. E. se caracteriza por su eficiencia en la labor educativa; la dedicación, esmero, perseverancia y amor a nuestros educandos.
Actualmente, la I. E. brinda una atención a 500 estudiantes aproximadamente, cuyas edades fluctúan entre los 3 y 12 años, procedentes de las urbanizaciones Pedro Ruiz Gallo, Tarapacá, Dulanto, Ciudad del Pescador, Miguel Grau y otros lugares cercanos.
En este momento, la I. E. tiene doce secciones de educación primaria y ocho secciones de educación inicial. Se dicta el curso de Inglés, siendo uno de los pocos colegios primarios en contar con este servicio gratuito. Cuenta con un aula de innovación, ambiente de dirección y subdirección, secretaría, cocina, comedor y guardianía. También dispone de servicios higiénicos, un patio grande, loza deportiva para las clases de Educación Física y un jardín en el nivel primario.